Фамилия Нишуков — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд в ней угадывается типичная восточнославянская модель с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?» — Нишуков). Но основа «Нишук» заставляет задуматься: откуда она взялась?

Самый вероятный путь — это производное от личного имени Ниш. В старорусском обиходе бытовали краткие, разговорные формы крестильных имён, часто заканчивающиеся на -ш: Паш (от Павел), Миш (от Михаил), Тиш (от Тихон). Имя Ниш могло быть сокращением от Никита, Никодим или Никандр. К основе Ниш добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -ук, характерный для западных и южнорусских земель (Украина, Белоруссия, юг России). Получилось прозвище Нишук — «маленький Ниш» или «сын Ниша». А уже от него образовалась фамилия: «чей сын?» — Нишуков.

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к географическим названиям. В Псковской области есть деревня Нишуково, а в бассейне реки Великой встречаются топонимы с корнем «ниш» (возможно, из диалектного «ниша» — яма, углубление). Если предки переселились из такой местности, их могли прозвать Нишуками по названию покинутого села. Однако для фамилий на -ов такой способ образования встречается реже, чем от имени или прозвища.

Фамилия Нишуков — нечастая. Она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Встречается она преимущественно в центральных и северо-западных областях России, а также среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имён. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, были простыми людьми, получившими родовое имя по отцу — Нишуку, которого дома звали коротко и по-свойски: Ниш.