Фамилия Ниженко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс (аналог русского -ов/-ев или -ин) означает «маленький», «сын» или «потомок». В украинской ономастике фамилии на -енко в XVI–XVII веках стали массово обозначать детей по отцу: Ниженко — сын Нижнего.

Основа фамилии — прозвище Нижний. Вариантов его происхождения несколько, и все они связаны с положением в пространстве или социальном статусе. Самое прямое объяснение — человек, живший в нижней части села, у реки или в низине. В традиции русских и украинских деревень часто делили улицы на «верхнюю» и «нижнюю», отсюда и прозвища Верхний / Нижний.

Другая версия — прозвище по социальной лестнице: «нижним» могли называть человека невысокого происхождения, слугу или того, кто занимал подчинённое положение. Впрочем, прозвища такого рода часто были не оскорбительными, а описательными — как, например, фамилии Меньшой, Меньшиков, которые давали младшему сыну в семье.

Интересно, что фамилия Ниженко встречается в основном на востоке Украины (Полтавщина, Слобожанщина), что подтверждает её украинское происхождение. В России она редка и обычно указывает на украинские корни предков. Если сравнить с однокоренными фамилиями — Нижний, Нижников, Нижинский (от города Нежин, но с иной этимологией), — то Ниженко стоит особняком именно благодаря суффиксу, который прямо указывает на родство, а не на географию.

В написании фамилии любопытна буква и: в украинском языке она произносится как русское ы (Ныженко), но в русской традиции закрепилась форма через и. В дореволюционных метрических книгах можно встретить вариант Ныженко — это точная фонетическая запись украинского произношения.