Фамилия Нышенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в Украине, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Нышенко — это буквально «сын Ныши» или «потомок Ныши». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Ныш-».

Здесь нет однозначного ответа, но есть две основные версии, и обе ведут в мир прозвищ. Первая и самая вероятная: основа восходит к древнерусскому слову «ныти» или «ныть» — ныть, хныкать, жаловаться. Прозвище Ныша могли дать человеку вялому, плаксивому или, наоборот, постоянно недовольному и брюзжащему. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным или профессиональным словом «ныш» — так в некоторых говорах могли называть крота или другого зверька, роющего норы. В этом случае прозвище могло относиться к землекопу или просто к человеку нелюдимому, «зарывающемуся» в свои дела.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «ныш-» плюс типичный украинский суффиксальный формант «-енко». В русском языке аналогом такой модели стали бы фамилии на «-ов» (Нышев) или «-ин» (Нышин), но украинская форма закрепилась в исходном виде. Фамилия Нышенко не относится к числу распространённых, её носители встречаются в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в пограничных регионах России.

Стоит отметить, что фамилия Нышенко не имеет никакого отношения к слову «нынешний» — это случайное внешнее сходство. Также не стоит искать в ней корни, связанные с «нырять» или «ныряло» — фонетически они близки, но семантически расходятся. Самая реалистичная версия — это прозвище по характеру, данное предку, который, возможно, был не самым жизнерадостным человеком в округе.