Фамилия Неишко — редкий случай, когда географическое прозвище почти наверняка перевесило все другие версии. В основе лежит не имя и не профессия, а топоним Нея — название реки в Костромской области и города на ней. Жителей тех мест в старину называли неянами или неичами, а уменьшительная форма «Неишко» закрепилась как прозвище выходца оттуда: «неишко» — «малый с Неи», «наш неянин».

Суффикс -к-о типичен для украинских и белорусских фамилий, но здесь он скорее указывает на севернорусскую или западнорусскую диалектную среду, где такие формы (вроде Ивашко, Васько) были обычны для прозвищ. То есть фамилия могла сложиться на стыке двух традиций: русской топонимической основы и южнорусского или белорусского суффиксального оформления. Встречается она преимущественно в западных областях России и в восточной Беларуси — это подтверждает версию о переселенцах с Верхней Волги.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — отчество от канонического имени Ней (редкая форма от Нестор или Иона). Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Неишин или Неишев, а не Неишко. Форма на -ко здесь указывает на прозвищную, а не патронимическую модель.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В дореволюционных метриках она фиксируется в Костромской и Витебской губерниях, что лишний раз привязывает её к реке Нее. Носители фамилии — потомки тех, кто ушёл с родных мест и получил прозвище по реке, которая текла в их прошлом.