Фамилия Никильников — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массы фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим нестандартную основу и неочевидный суффиксальный ряд.

Ключ к разгадке — суффикс -ник-. В русских фамилиях он часто указывает на род занятий или характерный признак человека: охотник, плотник, сапожник. Если отбросить фамильный суффикс -ов, остаётся основа «Никильник». Это слово в старорусском языке могло означать человека, имевшего отношение к чему-то, что называлось «никиль» или «никила». Но что это?

Самая вероятная версия: в основе лежит каноническое имя Никила — народная, просторечная форма крестильного имени Никита. В русских говорах имя Никита часто сокращали и видоизменяли: Никиша, Никиха, Никила. От формы Никила с помощью суффикса -ник- образовали прозвище Никильник — так могли называть сына или последователя Никилы, а ещё вероятнее — человека, который служил или работал у некоего Никилы (например, «Никильников работник»). Фамилия, таким образом, значит «потомок Никильника» или «принадлежащий к дому Никильника».

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «никиль», которое в некоторых говорах означало «низкорослый, тщедушный человек» или, наоборот, «упрямец». В этом случае прозвище Никильник давалось по внешности или характеру, а фамилия закрепилась за его детьми.

Обратите внимание на необычную для русских фамилий группу согласных в середине: -льн-. В фамилиях вроде Никольников или Николаевых корень ясен, а здесь произошло стяжение: Никила + -ник- дало Никильник. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где имя Никила было в ходу, и где сохранились архаичные модели словообразования. Сословной привязки нет: Никильниковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и священниками — фамилия неэлитарная, но редкая, что говорит о локальном происхождении от одного или нескольких родов.