Фамилия Никитников — один из тех случаев, когда суффикс рассказывает о происхождении больше, чем корень. Основа здесь очевидна: каноническое мужское имя Никита, которое в русской традиции имело народную форму Никитка. Но почему не Никитин, а Никитников? Всё дело в суффиксе -ов, который присоединился не напрямую к имени, а к отчеству на -ич или, что чаще, к прозвищу, образованному от имени через суффикс -ник.

Вероятнее всего, Никитников — это фамилия, возникшая из отчества «Никитнич» или из прозвания «Никитник» (сын Никиты). В русском языке XVI–XVII веков модель «имя + -ник» давала обозначение человека по отцу: Никита → Никитник (тот, кто происходит от Никиты). Затем притяжательный суффикс -ов превратил это прозвание в фамилию. Такой способ словообразования встречается реже, чем простой патроним на -ин (Никитин), поэтому Никитниковых в России заметно меньше, чем Никитиных.

Есть и вторая, более бытовая версия. В северных и центральных говорах «никотником» или «никитником» иногда называли человека, родившегося или крещённого в день святого Никиты (например, Никиты Готского, 15 сентября). В таком случае фамилия закрепляла не отчество, а прозвище по церковному календарю. Эта гипотеза менее надёжна, так как подобные прозвища обычно давали по имени святого без суффикса -ник (сравните: Никитин, Никитский), но полностью исключать её нельзя.

С точки зрения географии, фамилия Никитников тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодской, Костромской, Ярославской. В этих краях патронимы на -ов были нормой, а форма «Никитник» как отчество встречается в документах XVII века, например, в переписных книгах. Социальный состав носителей был пёстрым: от крестьян и посадских людей до мелких служилых. Дворянских родов Никитниковых не зафиксировано — фамилия оставалась преимущественно крестьянской и мещанской.

Фамилия Никитников не имеет отношения к профессии или ремеслу, как может показаться на первый взгляд. Корень «ник-» не связан с «никать» (опускать вниз) или «никнуть»; это чисто именная основа. В отличие от фамилий вроде Никитин или Никитенко, здесь сработала менее типичная модель, что и делает Никитниковых отдельной, более редкой ветвью большого «никитского» древа.