Фамилия Никнютьева — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская, но оформлена по русской модели. Женская форма (Никнютьева) указывает на мужскую — Никнютьев, которая образована с помощью патронимического суффикса -ев. Суффикс -ев, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й, но в данном случае он мог закрепиться из-за мягкого звучания конечного согласного в исходном имени.

Корень «Никнють» не имеет прямых параллелей в славянских именах или прозвищах. Наиболее вероятная гипотеза — искажённое или адаптированное на русской почве мусульманское имя. Можно предположить, что в основе лежит имя Никмат (или Нигмат), что в переводе с арабского означает «благо», «благодать», «милость». В тюркских языках (татарском, башкирском) это имя распространено в формах Нигматулла, Нигматжан. При переходе в русскую среду имя могло пройти через несколько ступеней упрощения: Нигмат → Никмат → Никнють. Глухой звук «к» вместо звонкого «г» — типичная черта оглушения в русском произношении, а конечное «-ють» могло появиться под влиянием диалектного произношения или как графическая фиксация мягкого окончания.

Менее вероятная версия связывает фамилию с греческим именем Никита (от греч. «победитель»). В некоторых южнорусских говорах имя Никита могло звучать как «Никитюта», а затем, с редукцией гласных, перейти в «Никнюта». Однако такой переход сложен и не имеет массового подтверждения в ономастике. Версия с тюркским корнем выглядит убедительнее, поскольку фамилии с основой «Ник-» в среде крещёных татар и башкир встречаются чаще, чем в исконно русских областях.

Фамилия Никнютьева — пример того, как нерусское по происхождению имя «обрусело» не только суффиксом, но и изменением звучания. Носители фамилии, скорее всего, происходят из регионов Поволжья или Приуралья, где исторически жили татары, башкиры и другие тюркские народы, принявшие православие. Сословная принадлежность могла быть любой: от государственных крестьян до мещан, но дворянских корней у этой фамилии, судя по редкости, скорее всего, нет.