Фамилия Никоненков — яркий пример того, как одна и та же основа может обрастать разными суффиксами в зависимости от региона и времени. Она образована от имени Никон, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое имя Nikon означает «победитель» (от nike — победа), хотя в крестьянской среде его вряд ли переводили — имя воспринимали как привычное календарное, одно из многих.

Главная особенность фамилии — в суффиксе -енков. Это уменьшительно-патронимический формант, характерный для южнорусских и украинских земель. Если бы предок жил севернее, его потомки с той же вероятностью стали бы Никоновыми или Никоненко. Суффикс -енков указывает на то, что родоначальника звали Никоненко — то есть «маленький Никон» или «сын Никона». Такая двойная патронимическая цепочка (Никон → Никоненко → Никоненков) — типичная история для фамилий, которые оформлялись уже в XVIII–XIX веках, когда на юге России шёл процесс русификации украинских фамилий путём добавления типичного русского суффикса -ов.

Вероятнее всего, первые носители фамилии жили в Курской, Орловской, Воронежской губерниях или на Слобожанщине — зоне активного смешения великорусского и малорусского населения. Там имя Никон было нередким, особенно среди крестьян и однодворцев. В документах XVII века встречаются служилые люди по прибору с этим именем, но фамилия Никоненков, скорее всего, оформилась позже, когда закрепилась трёхчленная формула именования (имя, отчество, фамилия).

Интересно, что у фамилии есть редкий «двойник» — Никонёнков с буквой ё. Такое написание могло возникнуть в устной речи под ударением и закрепиться в паспортах или метриках случайно, из-за ошибки писаря. В остальном это одна и та же фамилия с тем же значением. Сегодня Никоненковы встречаются рассеянно по всей России, но наибольшая плотность сохраняется в Черноземье и на юге — там, где два с половиной века назад предка впервые записали не просто Никоном, а Никоненковым.