Фамилия Никоненкова в её нынешнем виде — результат долгого пути, который начался с имени Никон. Это церковное имя, пришедшее на Русь вместе с православием, восходит к греческому «nikao» — «побеждать», то есть Никон — «победитель». Такое имя давали при крещении, и именно оно стало основой для всей цепочки фамилий.

Если посмотреть на форму Никоненкова, легко заметить, что перед нами не простая русская модель с суффиксом -ов, как у Никонов, а более сложная конструкция. В основе лежит украинская или белорусская форма отчества Никоненко — «сын Никона». Суффикс -енко в этих землях указывал на происхождение по отцу, и первоначально носитель звался просто Никоненко. Уже позже, когда род оказался в великорусских губерниях, фамилию адаптировали к местной традиции, добавив окончание -а и приведя её к типу притяжательных прилагательных. Так Никоненко превратился в Никоненкова — форма, которая отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «из семьи Никоненко».

Сословная принадлежность первых Никоненко — вопрос спорный. С одной стороны, имя Никон было распространено среди духовенства и крестьянства, и ничего аристократического в нём нет. С другой — в Малороссии XVII–XVIII веков казацкая старшина и зажиточные мещане часто носили отчества на -енко, которые затем закреплялись как фамилии. Поэтому версия о том, что основатель рода мог быть выходцем из высшего сословия, имеет право на существование, но опирается скорее на общий контекст эпохи, чем на конкретные свидетельства. Правдоподобнее выглядит предположение, что это была обычная семья, чей предок носил имя Никон, а фамилия просто отражала его отчество.

Сама русификация через добавление суффикса -ова — типичный пример того, как фамилии меняли форму при переезде. В документах XIX века часто встречаются колебания: одного и того же человека могли записать как Никоненко, а его жену или дочь — как Никоненкову. Со временем за потомками закрепилась именно женская форма, которая стала общей для всего рода, что и породило современное звучание Никоненкова.