Фамилия Никонирова — женская форма, а её мужской вариант — Никониров. Такое окончание (-ов) указывает на принадлежность: Никониров — буквально «сын Никонира» или «человек из семьи Никонира». Но вот с именем Никонир не всё так просто. В святцах его нет, и в быту оно не встречается. Скорее всего, мы имеем дело с искажённой или диалектной формой крестильного имени.

Самая вероятная версия: Никонир — это народный вариант канонического имени Никон. В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, имя Никон нередко произносили с дополнительным «ир» на конце — как Никонир. Подобное «наращение» встречается и у других имён: например, из Кузьма получалось Кузьмир, а из Фрол — Фролир. Механизм тот же: окончание подгонялось под привычный ряд имён на -мир (Владимир, Мир — как сокращение). Так Никон превращался в Никонира, а от него уже пошла фамилия Никониров.

Менее вероятное объяснение — что основой послужило прозвище Никонир, образованное от «никонир» — сторонник церковной реформы патриарха Никона XVII века. Сторонников реформы действительно называли никонианами, но форма «никонир» в исторических источниках не зафиксирована. К тому же фамилии от подобных прозвищ обычно давали не самим «никонианам», а их противникам-старообрядцам — как презрительное прозвище. Однако фамилия Никониров встречается и в регионах, где старообрядчество было слабо, что делает эту версию спорной.

Географически фамилия Никонирова тяготеет к центральным и северным областям России: её носители встречаются в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В этих краях имя Никон было распространено, а диалектные формы — обычное дело. Социальный состав: чаще крестьяне и мещане, реже — духовенство (Никон — имя нескольких святых, поэтому его охотно давали в семинарских семьях, но там фамилия обычно оставалась в форме Никонов).

Резюмируя: Никонирова — это фамилия от имени Никонир, которое, в свою очередь, народная переделка церковного имени Никон. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или горожанами из северной или центральной России.