Фамилия Никониров — редкий случай в русской ономастике. Её основа — каноническое имя Никонор (в церковной форме — Никанор), которое пришло из греческого языка и означает «видящий победу». Но здесь не стандартный патроним Никаноров (от полной формы имени), а вариант, возникший через обиходное, народное произношение — Никонор. В быту имя часто «обкатывали», отбрасывая один слог или меняя ударение, так Никанор превращался в Никонора, а фамилия от него — в Никонирова.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?»). То есть Никониров — буквально «сын Никонора». Такая форма нечаста: обычно от имён на -р образуют фамилии с суффиксом -ов, но если имя оканчивается на твёрдый согласный, как в случае с Никонор, то конечное -р могло в народной речи смягчаться или редуцироваться, из-за чего и возникло написание через «и» — Никониров. В документах XIX века можно встретить и вариант Никаноров, и Никоноров, но именно Никониров закрепился как отдельная фамилия, возможно, в одной конкретной местности.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Никанор было более употребительно среди крестьян и мещан. В дворянской среде оно встречалось реже, поэтому Никонировы — почти наверняка выходцы из непривилегированных сословий. Фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой, что характерно для имён, которые не вошли в число самых популярных в святцах.

Споров по поводу происхождения почти нет: версия с именем Никонор — единственная убедительная. Гипотеза о связи с прозвищем от слова «никонир» (которого в русском языке не существует) или с топонимом (села Никониры не зафиксированы) не выдерживает критики. Надёжнее всего держаться имени — и помнить, что предки Никонировых, скорее всего, были простыми людьми, чью фамилию записал писарь на слух, так, как слышал в деревенском говоре.