Фамилия Никонова — это форма женского рода от фамилии Никонов, и в её основе лежит мужское каноническое имя Никон. Имя это пришло на Русь вместе с христианством из Византии и восходит к древнегреческому глаголу nikao — «побеждать». Соответственно, смысл имени — «победитель». Так что, если вы Никонова, ваш далёкий предок по мужской линии носил имя, которое сулило ему воинскую удачу или победу в духовном делании.

Словообразовательная модель здесь простая и очень распространённая. От имени Никон с помощью притяжательного суффикса -ов образовали отчество: «чей сын?» — Никонов, то есть сын Никона. В русской традиции такие отчества, закрепившись, и стали фамилиями. Женская форма Никонова появилась естественным путём: так называли жену или дочь Никонова. Этот тип фамилий — один из самых массовых в России, он охватывает большую часть русского населения, поэтому ничего экзотического в вашей фамилии нет.

Имя Никон в святцах связано с несколькими раннехристианскими мучениками, но для русского уха оно прочно ассоциируется с личностью патриарха Никона (XVII век), чья церковная реформа расколола общество. Однако фамилия Никонов, скорее всего, возникла раньше этой исторической драмы — просто потому, что имя было в ходу у разных слоёв населения задолго до патриаршества. Точно сказать, когда и где именно впервые появилась фамилия Никонов, невозможно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью.

Родственные фамилии, которые стоит иметь в виду, — Никанов и Никоненко. Первая образована от просторечной формы Никан, вторая — от уменьшительной Никоненко (с украинским или белорусским оттенком). Если ваш род происходит с юга России или Украины, вариант Никоненко мог бытовать в вашей семье ещё до того, как предки перебрались севернее и сменили окончание.

Что ещё любопытно: имя Никон не было редким, но и не входило в десятку самых частых имён. Поэтому фамилия Никонов встречается повсеместно, но не так часто, как Иванов или Петров. Встречается она и у духовенства, и у крестьян, и у купцов — сословной привязки у неё нет. В любом случае, фамилия Никонова — это живой памятник славянской письменности и культуры, который сохранил для нас древнее имя с красивым значением «победитель».