Фамилия Никон образована от канонического крестильного имени Никон. В основе лежит греческое слово «никао» — «побеждать», поэтому имя переводят как «победитель». Фамилия закрепилась в русской среде через церковную традицию: покровителем имени считается преподобный мученик Никон Филиппольский, который в 250 году вместе с двумя тысячами учеников принял мученическую смерть за проповедь христианства среди язычников. Этот факт из жития святого объясняет, почему имя было распространено в монашеской среде, а оттуда перешло в мирскую ономастику.

Словообразовательная модель проста: к основе Никон добавили типичный для русских фамилий суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду. Первоначально форма Никонов означала «сын Никона», но со временем окончание могло редуцироваться, и фамилия закрепилась в кратком виде — Никон. Такое усечение встречается реже, чем полные формы на -ов/-ев, и это отличает фамилию от более частотных однокоренных вариантов: Никонов, Никоненко, Никончук.

Интересно, что имя Никон в народной среде иногда смешивали с просторечным «никать» — «склоняться, опускаться вниз». Отсюда могли возникать прозвищные фамилии вроде Никаев или Никин, но фамилия Никон сохранила прямую связь с церковным именем, а не с бытовым глаголом. В дореволюционной России носители фамилии чаще встречались среди духовенства и крестьянства: имя давали в честь святого, а фамилию фиксировали по метрическим книгам.

Отдельного внимания заслуживает редкий случай, когда фамилия совпадает с самим именем без каких-либо суффиксов. Это могло произойти при украинской или белорусской адаптации, где усечённые формы встречались чаще, либо при поздней паспортизации, когда писарь записывал главу семьи по имени без добавления отчества. Поэтому носители фамилии Никон могут иметь предков как из великорусских губерний, так и из западных регионов империи.