Фамилия Нико чаще всего звучит как краткая, усечённая форма от более длинной фамилии или имени. В русском контексте она почти наверняка не исконная, а принесённая извне — с Кавказа или из Греции. Если смотреть на словообразовательную модель, то суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ев, -ин, -ский), здесь нет. Фамилия застыла в форме имени или прозвища, что характерно для фамилий грузинского, армянского или греческого происхождения.

Самая вероятная версия — грузинские корни. В Грузии фамилии на -ия, -дзе, -швили распространены, но встречаются и короткие формы, особенно если фамилия образована от имени Нико — грузинского варианта имени Николай (Николоз). В таком случае Нико — это не полная фамилия, а её основа, которая могла закрепиться в русской записи без грузинского окончания. Например, при переписи или в документах могли записать просто «Нико» вместо «Никошвили» или «Никоидзе», отбросив суффикс как ненужный или непонятный.

Другая версия — греческое происхождение. Греческая фамилия Нико (Νίκου) означает «Ники» или «победа» и часто встречается у понтийских греков, переселившихся в Россию. В этом случае фамилия могла быть исходно отчеством или прозвищем, но в русской среде потеряла окончание -у или -с. Есть и более редкая гипотеза — что Нико образовано от славянского прозвища Ника, но она слабая: без суффикса такая фамилия в славянской традиции почти не встречается, разве что у единичных переселенцев.

Географически фамилия Нико в России тяготеет к южным регионам — Краснодарскому краю, Ростовской области, Ставрополью, где исторически селились греки и грузины. Встречается она и в Армении, но реже. Сословной привязки нет: носителями могли быть и крестьяне, и горожане, и дворяне, но в основном — люди из простонародья, чьи предки взяли фамилию по имени или роду занятий.

Спорных моментов немного: основной вопрос — откуда именно пришла фамилия, с Кавказа или из Греции. Правдоподобнее грузинская версия, потому что в Грузии имя Нико широко распространено, а фамилии на чистую основу (без суффикса) встречаются чаще, чем в греческой традиции. Но окончательно определить корни можно только по семейным преданиям или архивным записям.