Фамилия Никроенко — редкий случай, когда основа неочевидна даже для подготовленного читателя. Суффикс -енко прямо указывает на украинское происхождение: в этой модели фамилии образовывали от имени или прозвища отца, прибавляя к основе «чей сын» или «чей потомок». Вопрос упирается в корень «Никро-», который в русском и украинском языках не встречается как самостоятельное слово.

Самая вероятная версия — фамилия произошла от канонического имени Никифор (в просторечии — Никирка, Никро). Украинская народная форма «Никр» или «Никро» могла возникнуть из-за усечения и перестановки звуков: Никифор → Никир → Никро. Тогда Никроенко означает «потомок Никра» или «сын Никро». Подобные фонетические изменения типичны для живой речи: имя Никита дало форму Никитенко, а Никифор — Никифоренко, но в некоторых говорах сократилось до Никроенко.

Есть и менее очевидный вариант: связь с греческим словом «никэ» (победа), которое лежит в основе многих имен (Николай, Никанор, Никифор). Однако прямо вывести «Никро» из греческого корня без промежуточного имени сложно. Версия с Никифором выглядит убедительнее, поскольку опирается на реальную модель народной переделки.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям Украины, где суффикс -енко наиболее распространен. Встречается она редко, что говорит либо о локальном бытовании в одном селе или районе, либо о позднем закреплении фамилии (XIX век, когда крестьянам массово давали фамилии по отцу). В дореволюционных переписях Никроенко почти не фиксируется — это подтверждает её крестьянское, недворянское происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Никритенко, Никритин) показывает, что основа «Никр-» могла возникнуть и от прозвища, данного за какой-то внешний признак или поведение, но письменных источников, которые бы это подтверждали, нет. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Никроенко — это «сын Никро», то есть Никифора, а фамилия хранит память о том, как в украинской деревне переделали церковное имя на свой лад.