Фамилия Никтавичюс — почти наверняка литовская, и её разумно разбирать, отталкиваясь от суффикса. Окончание -юс указывает на мужской род в литовском языке, а основа Никтавич- содержит характерный суффикс -avič-, который в литовской антропонимии часто образует фамилии от имён или прозвищ. В русской передаче фамилия могла бы звучать как Никтавич, но литовский вариант сохранил свой национальный облик.

Корень фамилии — «Никт-». Скорее всего, он восходит к личному имени Никта, которое в свою очередь является сокращением от полного христианского имени Никодим (от греч. «победа народа»). В Литве, как и в соседних славянских землях, такие усечённые формы были распространены: от Никодима образовывали Ник, Никта, а уже от них — патронимические фамилии. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с литовским словом niktas — «никто» или «ничто», но такое прозвище было бы слишком редким и нехарактерным для устойчивой фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе Никта- добавили патронимический суффикс -avičius (в русской транскрипции -авичюс), который означает «сын Никты». Таким образом, Никтавичюс буквально — «потомок Никты». В Литве фамилии с суффиксом -avičius чаще всего встречаются в северных и центральных регионах, особенно в Жемайтии и Аукштайтии, где сильна традиция образования фамилий от крестильных имён.

Географически фамилия Никтавичюс почти не выходит за пределы Литвы и литовской диаспоры. В России или Беларуси она редка и обычно принадлежит потомкам литовцев, переселившихся в XIX—XX веках. Социальный контекст: в литовском крестьянском обществе фамилии на -avičius не были признаком знатности, а просто указывали на происхождение от конкретного предка. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными, то в Литве есть фамилии Никта, Никтавичус (вариант написания), а также более редкая Никтус. В польском языке аналогом могла бы быть фамилия Никтович, но она встречается реже. Спорных версий здесь немного: гипотеза о происхождении от слова niktas («никто») выглядит натянутой, так как в литовской ономастике прозвища с отрицательным значением не образуют массовых фамилий. Правдоподобнее всего — патроним от имени Никодим.