Фамилия Никухин образована от имени Никуха, которое является производной формой крестильного мужского имени Никита. Оно же имеет греческое происхождение и в переводе означает «победитель». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никуха, со временем получил фамилию Никухин.