Фамилия Нилидина — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не тянется к древнерусским именам или прозвищам, а имеет позднее, книжное или диалектное происхождение. В основе лежит слово «нилый» — в русских говорах так говорили о человеке вялом, грустном, безучастном или болезненном. «Нилый парень» значило «хилый, скучный, без энергии». От этого прилагательного образовалось прозвище Нила, а затем и фамилия Нилидин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нилидин — буквально «сын или потомок Нилы». Модель типична для русских фамилий, но сама основа неканоническая. В святцах есть имя Нил (в честь преподобного Нила Постника или Нила Столобенского), однако фамилия Нилидин от него маловероятна: от имени Нил образовались бы Нилов, Нильский, а форма Нилидин требовала бы промежуточного прозвища «Нила» или уменьшительного «Нилка». Такое возможно, но менее распространено.

География фамилии узкая. В дореволюционных источниках и современных базах Нилидины встречаются в основном в центральных и северных губерниях России — Вологодской, Костромской, Ярославской. Именно там диалектное слово «нилый» было в ходу. В южных и сибирских регионах фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её локальное, а не общерусское происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями проясняет картину. Есть фамилия Нилов (от имени Нил), Ниленков (от уменьшительного Ниленя), а Нилидин стоит особняком. Она ближе к прозвищным фамилиям вроде Хилов (от «хилый») или Вялов (от «вялый»), где основа — характеристика внешности или характера. Вероятно, предок-носитель фамилии получил прозвище за медлительность, меланхоличный нрав или слабое здоровье.

Таким образом, фамилия Нилидина — не аристократическая и не древняя, а бытовая, крестьянская. Она говорит о том, что предки жили в северной или центральной России, говорили на местном наречии и носили прозвище, которое в других регионах могло бы звучать иначе.