Фамилия Нилипюк — одна из тех, что сразу выдают западноукраинское или белорусское происхождение. Её выдает суффикс -юк, типичный для фамилий Волыни, Полесья, Подолья и юго-западной Беларуси. В этой модели фамилия означает «маленький» или «сын» человека, чье имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — Нилип.

Самое вероятное объяснение: Нилип — это народная, диалектная форма канонического имени Филипп. В украинском и белорусском говорах начальное «ф» часто заменялось на «хв» (Хвилип) или, при дальнейшем упрощении, на «п» (Пилип). А вариант Нилип мог возникнуть из Пилип через ассимиляцию: «п» перед «и» перешло в более мягкий носовой звук «н» — явление, встречающееся в живом произношении. Сравните: Пилип → Ніліп (в записи через «и»). Таким образом, Нилипюк — это «сын Филиппа» или «маленький Филипп».

Менее вероятная, но возможная версия: связь с литовским или балтским корнем. На территории современной Украины и Беларуси, особенно в зоне древнего литовского влияния (Волынь, Гродненщина), встречаются фамилии с основой Nil- (например, Нилюк, Нилевич). Однако в случае Нилипюк «литовская» версия слабее: окончание -ип- нехарактерно для балтских основ, а вот переход Филиппа в Нилипа объясняется законами местной фонетики.

Фамилия редкая. В современных базах данных она встречается точечно — в основном на западе Украины (Волынская, Ровенская области) и среди украинской диаспоры. В России носителей почти нет. Социально фамилия крестьянская: суффикс -юк в XVI–XVIII веках был распространен среди непривилегированных сословий — селян, ремесленников, казаков. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.

Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Пилипюк, Хвилипюк, Филипюк. Все они образованы от одного имени, но в разных говорах. Нилипюк — самый редкий и фонетически измененный вариант, который может говорить о том, что предки жили в изолированной местности, где говор заметно отличался от литературной нормы.