Фамилия Нинаев — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Её образует суффикс -ев, который в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае перед нами патроним (отчество) от имени или прозвища Нинай. Вопрос в том, что это за имя.

Самая вероятная версия: Нинай — производная форма от канонического имени Никандр или Никита. В народной среде полные имена часто усекали и добавляли уменьшительный суффикс -ай: Никита → Никай → Нинай (с озвончением или заменой согласного). Такая модель хорошо известна: Михаил → Михай, Кузьма → Кузай. Если так, то Нинай — это домашнее имя, а Нинаевы — потомки человека, которого в быту звали Нинаем.

Есть и другой вариант, более редкий. В некоторых говорах слово «нина» означало «няня», «мамка» или просто «женщина, ухаживающая за детьми». Тогда Нинаем могли прозвать мужчину, который выполнял женскую работу или находился при детях. Но это скорее шутливое прозвище, и вряд ли оно легло в основу устойчивой фамилии — такие прозвища обычно не наследовались.

Третий, маловероятный, но возможный путь — связь с тюркскими корнями, где «нин» или «нине» означает «мать» или «бабушка». Однако в русских фамилиях тюркские заимствования встречаются, но обычно через прозвища, а не напрямую.

Географически Нинаевы встречаются редко, в основном в центральных и южных областях России. Фамилия не фиксируется в старых боярских списках и не имеет дворянских ветвей — скорее всего, она крестьянская или мещанская по происхождению. В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) она не упоминается, что подтверждает её локальность и немногочисленность носителей.

Таким образом, если вы Нинаев, ваши предки с большой вероятностью носили имя Нинай — уменьшительное от Никиты или Никандра. Это простой и ясный путь: от полного имени через домашнее прозвище к фамилии, которая закрепилась за родом.