Фамилия Нынаев — редкий пример, где основа неочевидна даже для носителя языка. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ев, остаётся корень «Нын-». В русской ономастике такая основа почти не встречается, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из тюркских или монгольских языков, где слово «нын» (или близкие формы) могло означать «тихий», «спокойный» или даже «младший» (в некоторых диалектах). В таком случае Нынаев — это «потомок спокойного человека» или «сын Младшего».

Другой, более конкретный вариант связан с бурятской или калмыцкой традицией. В этих культурах распространены личные имена Нына, Нынэ, восходящие к тибетскому буддийскому корню, означающему «праздник» или «радость». Фамилия Нынаев тогда образована от такого имени по русской модели: Нына + -ев («чей?» — сын Ныны). Географически фамилия действительно тяготеет к регионам с бурятским населением — Забайкалью, Бурятии, Иркутской области. Встречается она и у алтайцев, где «нына» может быть диалектным вариантом слова «бабушка» или «старшая женщина», но здесь связь менее вероятна: от родственных прозвищ обычно образовывали фамилии через суффикс -ин (Нынин), а не -ев.

Модель образования простая: русский аффикс -ев был добавлен к иноязычной основе в XIX–XX веках, когда представители нерусских народов массово получали фамилии по отчеству для паспортного учёта. Никакого дворянского или крестьянского контекста у Нынаева нет — это типичная «кабинетная» фамилия, закреплённая чиновниками. В дореволюционных источниках она не фиксируется; первые упоминания, судя по всему, относятся к советскому периоду. Фамилия однозначно редкая: по открытым данным, в России её носит не более нескольких сотен человек, и почти все они сконцентрированы в Сибири и на Дальнем Востоке.