Фамилия Ниофитова — одна из тех, что сразу выдают книжное, а не народное происхождение. Её основа — редкое каноническое имя Ниофит (греч. Νεόφυτος, Neóphytos — «новообращённый», «новонасаждённый»). В святцах оно есть, но в быту почти не употреблялось: имя было монашеским, а не крестьянским или купеческим. Поэтому фамилия Ниофитов (женская форма — Ниофитова) почти наверняка принадлежала семье духовного сословия.

Обычно такие фамилии давали в семинариях или духовных училищах в XIX веке. Семинаристу, носившему мирскую фамилию вроде Попов или Иванов, могли «переименовать» по имени какого-нибудь святого или по церковному празднику. Так и появился Ниофитов — от имени Ниофит, которое нередко принимали постригавшиеся монахи. Встречается и вариант Ниофитовский, но суффикс -ов в данном случае стандартен для русских фамилий, образованных от полных форм имён.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где было много духовных учебных заведений. По переписям и метрическим книгам Ниофитовы изредка попадаются в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях — именно там семинарские фамилии приживались лучше всего.

Мужской вариант — Ниофитов — встречается чаще, но женская форма Ниофитова тоже не редкость. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нио́фитова, хотя в разговорной речи могли ставить и на последний. Примечательно, что фамилия почти не бытовала среди крестьян или мещан — это узкая, сословно окрашенная фамилия, указывающая на книжное происхождение предка.

Если ваш предок носил фамилию Ниофитов, с высокой вероятностью он был либо священником, либо дьячком, либо учителем церковно-приходской школы. Имя Ниофит в миру давали редко, так что фамилия — не от прозвища, а от искусственного семинарского переименования.