Фамилия Нипина — женская форма, а её мужской вариант — Нипин. В русской традиции такие фамилии, как правило, образованы от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я, с помощью типичного суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Нипин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нипа.

Корень «Нип-» в русском языке не встречается в исконной лексике, что сразу заставляет искать иноязычные или диалектные истоки. Самая вероятная версия — связь с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «нип» или близкие звучания означают «тонкий», «узкий» или могут быть вариантом слова «нипек» — «нежный», «хрупкий». Прозвище Нипа могли дать человеку субтильного телосложения, с тонкими чертами лица или даже с чувствительным характером.

Вторая, менее распространённая гипотеза — происхождение от финно-угорского субстрата на севере России. В некоторых говорах коми и удмуртов встречаются слова с основой «нип-», связанные с болотистой, топкой местностью или с названием растения. Если предки носителя фамилии жили в Вятской, Пермской или Архангельской губерниях, прозвище Нипа могло закрепиться за человеком, жившим у «нипя» — низины или мха.

Географически фамилия Нипин (и Нипина) встречается редко, преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, эта модель указывает на более позднее закрепление или на происхождение из среды, где прозвище было личным именем в одном-двух поколениях. Документальных упоминаний о дворянском или купеческом происхождении Нипиных нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в глухой деревне и сохранившая редкий корень.