Фамилия Нипин — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ин. По правилам русской антропонимии, он указывает на принадлежность: «чей?» — «Нипин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Нипа. Вопрос упирается в то, что такое «Нипа» и откуда взялось это слово.

Самый вероятный корень — диалектный. В северных и сибирских говорах, особенно в архангельских и вологодских, «нипа» означала «небольшое болотце», «топь», «зыбкое место». Человек мог получить прозвище Нипа, если жил у болота, занимался осушением земель или просто отличался вязкостью и медлительностью в движениях. Фамилия тогда привязана к месту жительства или ландшафту, что типично для крестьянского прозвания.

Менее вероятная, но возможная версия — от канонического имени Нифонт в его просторечной форме. Нифонт через Нифант, Нипан мог сократиться до Нипа. Такое усечение встречается: из Агафон — Гапа, из Сильвестр — Силя. Но здесь нет твёрдых параллелей, поэтому версия с болотом выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ин, а не -ов, намекает на то, что основа оканчивалась на -а. Это подтверждает женский или ласкательный характер прозвища, которое давали мужчине. В русской ономастике это обычное дело: прозвища вроде Молчана, Крика, Беда легко становились фамилиями на -ин.

Географически Нипины встречаются редко, но заметны в Вологодской и Кировской областях, а также в Сибири — как раз в зоне распространения северорусских говоров, где слово «нипа» было в ходу. Дворянского происхождения у фамилии нет: это крестьянский или мещанский род, образованный от прозвища, а не от имени святого или знатного предка.

Если коротко: Нипин — «сын того, кого звали Нипой», а Нипа — скорее всего болото или топь. Никакой тайны, только русский Север и его диалектная меткость.