Фамилия Нипеин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или мирского имени, а не от крестильного. Основа «Нипей» или «Нипейка» могла относиться к человеку небольшого роста, щуплому или, наоборот, очень придирчивому и въедливому (от диалектного «нипать» — цепляться, придираться). В говорах северных и вологодских земель слово «нипа» означало «мелочь», «пустяк», а «нипей» — «мелочный человек». В этом случае фамилия Нипеин — типичный пример патронима на -ин, где суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Нипеин, то есть сын Нипея.

Модель образования проста: к основе «Нипеj-» добавили русский суффикс -ин, который в северных и центральных регионах часто заменял более южный -ов/-ев. Мужские фамилии на -ин обычно происходят от слов, оканчивавшихся на -а/-я. Прозвище Нипей (от *Нипея) как раз подходит под эту модель. Если бы основа была твёрдой (Нипей без смягчения), фамилия звучала бы как Нипеев, но этого не произошло.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с финно-угорским субстратом. На Русском Севере, в Поморье и в Прикамье, где смешивались славянские и чудские племена, могли существовать личные имена вроде Ниппа или Ниппай. В карельских и вепсских говорах «nipa» означает «клюв» или «нос». Тогда прозвище Нипей могло получить человек с длинным или острым носом. Фамилия Нипеин в этом случае — русифицированная форма такого прозвища, адаптированная под русскую модель на -ин.

Географически фамилия тяготеет к Северу и Северо-Западу России. В дореволюционных метрических книгах Нипеины встречаются в Вологодской, Олонецкой и Архангельской губерниях. Это была крестьянская или мещанская фамилия, не дворянская. В списках купцов и знати она не фигурирует. Сегодня носители фамилии рассеяны по России, но концентрация остаётся в Вологодской и Архангельской областях. Вне России фамилия практически не встречается.

Что касается ударения, то по аналогии с фамилиями типа «Кузьмин» или «Ильин» ударение ставится на второй слог: Нипе́ин. Однако в бытовой речи возможны варианты, особенно если фамилия передавалась устно. Письменная фиксация устойчива: окончание -ин, а не -ын, что подтверждает её образование от основы на мягкий согласный.