Фамилия Нипер — редкий случай, когда почти наверняка можно говорить о немецких или прибалтийско-немецких корнях, а не о славянском происхождении. В русском языке у неё нет прозрачной внутренней формы, и попытки вывести её из глагола «нипать» или существительного «нипер» (в значении какого-то инструмента) ни к чему не ведут: таких слов в русских говорах не зафиксировано.

Скорее всего, фамилия восходит к немецкому слову Nipper. В нижненемецких диалектах это означало «клюв», «носик» или «мордочка». Прозвище Nipper могли дать человеку с острыми чертами лица, с выдающимся носом, или же тому, кто любил «клевать носом» — клевать, подшучивать, быть придирчивым. Вторая версия связывает фамилию с профессией: в немецком языке Nipper — это инструмент для откусывания проволоки (кусачки). Соответственно, предок мог быть кузнецом, слесарем или ювелиром, работавшим с мелкими деталями.

В России и на постсоветском пространстве фамилия Нипер встречается крайне редко. Основные очаги — крупные города, куда в XVIII–XIX веках приглашали немецких мастеров и специалистов (Санкт-Петербург, Москва, Поволжье). Также она могла появиться у обрусевших немцев из Прибалтики. Фамилия не склонялась по славянскому образцу: окончание -ер оставалось неизменным, что и выдаёт её иноязычное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными вариантами, то в немецком ономастиконе встречаются фамилии Nipper, Nieper, Nipfer. В России они могли писаться на слух — через «е» или даже «э», но форма Нипер закрепилась как наиболее частая. Славянских аналогов у неё нет: в польском или украинском языке похожих основ не обнаруживается. Таким образом, носитель фамилии Нипер почти наверняка имеет предка — выходца из немецкоязычных земель, который привёз с собой либо прозвище, либо название ремесленного инструмента.