Фамилия Нигер — редкий и неоднозначный случай в русской ономастике. Вопреки возможным ассоциациям с латинским словом «niger» (чёрный), у неё совершенно иное происхождение, и она не связана с современным политически окрашенным термином. В основе фамилии лежит не что иное, как каноническое крестильное имя Никифор (в просторечии — Микифор). В русских говорах имя это нередко сокращали до формы «Нигер» (как, например, от Григорий — Григор, или от Пётр — Петра). Суффикс «-ов» в фамилии Нигеров (а Нигер — это, скорее всего, усечённый вариант от Нигеров) указывает на принадлежность: «сын Нигера», то есть потомок человека по прозвищу Нигер.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с прозвищем, данным человеку с очень тёмными волосами или смуглой кожей. В русских деревнях такое могли сказать про чернявого парня. Однако эта гипотеза слабее: в крестьянской среде чаще использовали прямые прозвища вроде Черняй, Черныш, а не латинизированное «Нигер». К тому же, фамилия Нигеров (и её краткая форма Нигер) встречается в старых писцовых книгах по Центральной России, где о тёмнокожем населении речи не шло.

С точки зрения словообразования, фамилия Нигер (или Нигеров) — типичная «отчество» на -ов. Носители её, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени деда. Встречается она преимущественно в южных и центральных областях России, а также на Украине, где имя Никифор было особенно распространено. Не стоит искать в этой фамилии какого-то экзотического смысла: перед нами просто искажённое церковное имя, застывшее в паспорте.