Фамилия Негер — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива, а корень слова может ввести в заблуждение. Самое очевидное, что приходит на ум — связь с немецким словом «негр» (Neger). Однако в русской среде эта фамилия имеет совсем другую, более древнюю и местную природу.

Словообразовательная модель указывает на прозвищное происхождение. Суффикс -ер в русских фамилиях встречается редко и чаще всего указывает на немецкое или еврейское влияние (например, Шнайдер, Фишер). Но в случае с Негер мы имеем дело с южнорусским или украинским диалектным словом «негер» или «негир». В говорах так называли нелюдимого, угрюмого, молчаливого человека, а также того, кто «не гнет» спину — упрямца или лентяя. Глагол «негинуть» в некоторых областях означал «не сгибаться, быть несговорчивым». Таким образом, прозвище Негер получал либо хмурый и необщительный человек, либо, наоборот, тот, кто отличался независимым нравом.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — фонетическое искажение немецкой фамилии Näger (от глагола nagen — «грызть, глодать»). В таком случае предок мог быть резчиком по дереву или кости, либо же просто человеком с «грызущим» характером — придирчивым и въедливым. Однако эта версия слабее: в немецком языке фамилия Näger встречается нечасто, а её переход в русскую форму именно как «Негер» без промежуточных вариантов маловероятен.

Географически фамилия Негер тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, а также к немецким колониям Поволжья и Причерноморья. Встречается она и у евреев-ашкеназов, где могла быть искусственно образована от аббревиатуры или просто как вариант фамилии Нейгер (Neiger). В любом случае, это редкая фамилия, и её носители в России и странах СНГ, как правило, не связаны с немецким дворянством или колонистами напрямую — скорее, это потомки крестьян или мещан, получивших прозвище за свой нрав.

Сравните с однокоренными русскими фамилиями Негодяев, Нелюбин — у них схожая семантика «отрицания» через приставку не-. Фамилия Негер стоит в том же ряду, но образована не от прилагательного, а от глагольной основы, что делает её более редкой и выразительной.