Фамилия Недер — редкая и её происхождение неочевидно. Главная версия связывает её с географическим названием, но есть и альтернативное объяснение.

Скорее всего, в основе фамилии лежит немецкий или голландский корень. В немецком языке «nieder» означает «нижний» или «низменный». Фамилия могла возникнуть как прозвище для человека, жившего в низине, у подножия холма, или для выходца из Нижних земель (Нидерландов). В этом случае фамилия Недер — это русифицированная форма немецкой или еврейской фамилии Нидер (Nieder). Суффикс отсутствует, что типично для фамилий, пришедших из западных языков и не получивших русского окончания (-ов, -ин). Такие фамилии часто встречались у обрусевших немцев, прибалтийских дворян или еврейских переселенцев в XIX веке.

Вторая, менее вероятная версия, отталкивается от редкого диалектного слова. В некоторых русских говорах «недер» могло означать «недотёпа», «неудачник» или «слабый человек». Однако эта гипотеза слаба: основа «недер» не фиксируется в авторитетных словарях русских народных говоров как самостоятельное прозвище, а в качестве фамилии она почти не встречается в центральных и северных губерниях России, где такие прозвища были бы уместны. География фамилии Недер в современных базах данных указывает на юг России и Украину, а также на регионы с историческими немецкими колониями (Поволжье, Одесская область), что подтверждает первую версию.

Фамилия Недер — яркий пример того, как внешне простая основа может скрывать иностранное происхождение. Носитель такой фамилии с высокой вероятностью имеет предков, переехавших в Российскую империю из немецкоязычных земель, и его фамилия — не прозвище, а указание на место жительства или происхождения рода.