Фамилия Нигерат — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с латинским корнем niger («чёрный»), но к русской ономастике это прямого отношения не имеет. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или прибалтийского происхождения, адаптированная кириллицей. В немецком языке Nigrat или Nigrath могло возникнуть как вариант фамилии Nigg — краткой формы имени Nikolaus (Николай) с добавлением суффикса -rat, который в южнонемецких диалектах иногда означал «совет» или «решение», но чаще был просто патронимическим элементом. Другая версия — топонимическая: в Германии и Австрии встречаются микротопонимы вроде Nigrat, образованные от славянского «нигра» (чёрная, тёмная река) — это могло дать прозвище переселенцу из такого места.

В Российской империи фамилия Нигерат фиксируется в основном среди немецких колонистов Поволжья и Причерноморья, а также у остзейских немцев. Суффикс -ат в русской передаче характерен для фамилий, которые пришли из немецкого через польское или украинское посредничество (сравните: Рейнгардт — Рейнгард, Шмидт — Шмид). Носители фамилии, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами: в немецких колониях фамилии часто закреплялись за профессией или личным прозвищем, а не за именем отца. Никакой связи с латинским «негр» здесь нет — это случайное графическое совпадение, которое сбивает с толку при беглом взгляде.

Словообразовательная модель проста: основа Nig(e)r- + суффикс -at (немецкое -rath или -radt). В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине, и остаётся неизменной у женщин. Поскольку фамилия редкая, её география узкая — в основном бывшие немецкие колонии Запорожской, Саратовской и Волынской губерний. В современной России Нигерат встречается единично, часто у потомков тех самых колонистов, которые в XX веке были депортированы или репатриировались в Германию.