Фамилия Нипенкин образована от прозвища, а не от крестильного имени — это сразу понятно по суффиксу. В русских фамилиях на -ин обычно лежит основа, оканчивающаяся на -а или -я, но здесь основа Нипенк-, а значит, исходное прозвище звучало как Нипенка. Такая форма характерна для северных и сибирских говоров, где уменьшительные имена и прозвища часто строили с суффиксом -енк(а): Карпенка, Трошенка, Нипенка.

Корень, скорее всего, восходит к имени Никита. В диалектах имя Никита давало множество производных: Ника, Никула, Никиша, а также Нипа, Нипка, откуда и Нипенка. Суффикс -енк- в прозвище мог означать «маленький Нипа» или «сын Нипы» — по той же модели, что украинские фамилии на -енко, только в русском варианте с окончанием -а.

Менее вероятна, но не исключена связь с глаголом «нипать» — диалектным словом со значением «нырять, погружаться в воду». В таком случае Нипенкой могли прозвать рыбака или водолаза, но эта версия слабее: глагол редкий, а прозвищ от него почти не зафиксировано. Ономастические справочники (например, словарь Веселовского) не приводят прямых параллелей, что говорит о локальном бытовании фамилии — вероятно, в северных областях России.

Социальный состав носителей фамилии Нипенкин в XIX веке — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено. Географически фамилия встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает северное происхождение. Встречается и вариант написания Непенкин — с «е» в первом слоге, что могло возникнуть под влиянием акающего произношения или просто как ошибка писаря.