Фамилия Непенкин — редкий случай, когда корень слова, от которого она образована, почти не сохранился в современном языке. Основа здесь — «непенк-», и это не опечатка и не искажение. Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «непенка» или «непенек». В русских говорах «пенка» — это не только молочная плёнка, но и пена, накипь, а также кора, содранная с дерева. «Непенка» могла означать нечто невзрачное, хрупкое, не имеющее твёрдой основы — например, плохой, негодный для дела материал или даже прозвище неловкого, нерасторопного человека. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Непенкин — сын Непенки, то есть потомок человека, которого в округе звали Непенкой.

Более прозрачная версия отсылает к глаголу «пенять» (упрекать, жаловаться). «Непеня» или «непенка» — тот, кто не ропщет, не жалуется, смирный человек. Но здесь есть тонкость: фамилии на «-енкин» обычно образуются от имён или прозвищ на «-еня» (например, Феденя — Феденкин, Костеня — Костенкин). Прозвище Непеня было бы логичным, но тогда фамилия писалась бы как Непенькин или Непенкин (с беглым гласным). В реальности мы видим именно «Непенкин», что заставляет склоняться к первой, более тёмной версии — с корнем «пенк-».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вятке, Костромской и Вологодской губерниях — как раз в зоне бытования северных говоров, где слово «пенка» в значении «пена, накипь» было в ходу. В дворянских родословных книгах Непенкины не числятся, что подтверждает их крестьянское или мещанское происхождение.

Интересно, что фамилия практически не имеет однокоренных параллелей. Нет известных фамилий Пенкин (от «пенка» в прямом смысле) или Пеняев — это разные корни. Непенкины стоят особняком, и это делает фамилию лакмусовой бумажкой для диалектолога: где бы ни нашёлся носитель, можно с высокой вероятностью сказать, что его предки — из тех мест, где «пенка» означала нечто шаткое или ненадёжное, а прозвище закрепилось за человеком, которого так окрестили за неуклюжесть или, наоборот, за безропотность.