Основой фамилии Непеин послужило мирское имя Непея. По одной из версий, некрестильное имя Непея восходит к прилагательному «непетый», имеющему значение «такой, над которым не совершена церковная служба, неосвященный». Вероятно, такое имя получил некрещеный ребенок. По другой версии, имя Непея образовано от глагола «пить» с помощью отрицательной приставки «не-». В этом случае имя могло выполнять так называемую «охранительную» функцию и использоваться в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь крепкого ребенка, ведущего здоровый образ жизни, родители назвали его именем Непея. Маловероятно, но не исключено, что в основе фамилии Непеин лежит не имя, а прозвище Непея, которое дали трезвеннику, человеку, не употреблявшему спиртные напитки. В исторических документах зафиксированы: вологодский дьяк Непея Григорьевич Вологжанин (1556 год); костромской вотчинник Рудак Непеин (середина XV века); брацлавский мещанин Тимош Непейко (1639 год); московский подьячий Андрей Сергеев сын Непеин (1680 год) и др. Фамилия Непеин распространена на Урале в Талицком районе, встречается в Камышловском, Пышминском районах, в Екатеринбурге. Известный обладатель фамилии - Непеин Сергей Арсеньевич (1870-1911), священник Русской православной церкви, историк, археолог, фотограф, краевед. Он является автором более 50 печатных трудов о памятниках архитектуры Русского Севера, наиболее значительным из которых считается «Вологда прежде и теперь».