Фамилия Непеп — редкая и неочевидная для русского уха. С первого взгляда она выглядит как аббревиатура или позднее искусственное образование, но, скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии, возникшая при переписи или в канцелярии.

Попробуем разобрать её по частям. В русской ономастике нет корня «неп-» в значении какого-либо ремесла или качества человека. Если отбросить версию об опечатке, то наиболее вероятно, что основа восходит к диалектному или иноязычному прозвищу. В говорах русского Севера и Сибири встречается слово «непепый» — неловкий, неуклюжий, нескладный. Человек с таким прозвищем мог получить фамилию Непепов, но в данном случае мы видим усечённую форму без суффикса. Второй вариант — фамилия образована от тюркского или финно-угорского личного имени, где «неп» означало что-то вроде «чистый» или «светлый» (сравните с коми-пермяцким «неб» — мягкий, нежный). При переходе в русскую среду имя сократилось и потеряло окончание.

Модель образования здесь нетипична. Большинство русских фамилий имеют суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Фамилия Непеп лишена этих формантов, что указывает на её позднее закрепление в форме прозвища или на происхождение из среды, где фамилии только начинали оформляться (например, у крестьян после отмены крепостного права, когда писарь записывал человека так, как услышал). Суффикса нет — значит, перед нами «голая» основа, что встречается у фамилий украинского или белорусского происхождения, но для великорусской традиции редкость.

Географически фамилия могла закрепиться в районах, где смешивались русское и финно-угорское население — Вологодчина, Архангельская область, Удмуртия. Там фамилии без суффикса встречаются чаще. Второй очаг — южные регионы, где сказывалось влияние тюркских языков.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не дворянская и не книжная. Она бытовая, прозвищная, и её носители в прошлом — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию от уличного прозвища. Если ваши предки носили фамилию Непеп, имеет смысл искать их в метрических книгах северных губерний или в списках переселенцев в Сибирь — там подобные нестандартные написания сохранялись дольше всего.