Фамилия Ниченкин образована от имени или прозвища, которое в основе имеет корень «Нич-». Сразу заметим: это не вариант фамилии Никитин, хотя внешнее сходство есть. У Никитина основа — каноническое имя Никита, а здесь совсем другая словообразовательная модель.

Ключ к разгадке — суффикс «-енк-». В русских фамилиях он обычно указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс «-енк(о)» в Украине означал «маленький», «сын» или «потомок». Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские губернии, окончание «-о» нередко заменяли на «-ин» — так и появился Ниченкин. То есть изначально на Украине или в приграничных с ней областях человека звали Ниченко, а после переезда в Центральную Россию фамилия русифицировалась.

Само имя Ничко — это народная, обиходная форма от крестильного имени Никифор (в просторечии — Микифор, Микитка). В украинской и южнорусской среде имя Никифор сокращали до Ничко, отбрасывая часть корня. Подтверждение находим в работе Б. Унбегауна «Русские фамилии»: он разбирает модели, где суффикс «-енко» присоединяется к усечённым формам имён (Ничко из Никифор, Грицко из Григорий и т.д.). Таким образом, Ниченкин — это «сын Ничка», то есть потомок человека по имени Ничко (Никифор).

Встречается фамилия преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также у потомков переселенцев в Сибири. Сословно — почти всегда крестьянская или мещанская, без дворянских корней. В дореволюционных переписях Ниченкины фиксировались как государственные крестьяне, реже — однодворцы (потомки служилых людей юга России).

Есть и более редкая версия: прозвище Ничка могло произойти от диалектного глагола «ничить» — «наклоняться, клониться к земле», но эта гипотеза слабее, так как не объясняет суффикса «-енк-». Имя Никифор даёт куда более стройную и подтверждённую словарями этимологию.