Фамилию Ничинкин стоит разбирать с конца — с суффикса. Двойной суффикс -кин встречается реже, чем простой -ин, и указывает на то, что основа фамилии — не мужское имя или прозвище напрямую, а женское. В русской модели фамилия на -кин означает «чей?»: сын или потомок женщины. То есть Ничинкин — буквально «сын Нички» (или «внук Нички»). Сама Ничка — это уменьшительная форма женского имени, скорее всего, Нина или Ника. В просторечии Ниной могли называть и мужчину (как уменьшительное от Никон, Никита, Никодим), но суффикс -кин твёрдо привязывает фамилию к женскому прозвищу. Значит, предок Ничинкина был сыном женщины по прозвищу Ничка — возможно, вдовы или матери, чьё имя закрепилось за семьёй в быту.

Есть и другая, менее очевидная версия: основа могла пойти от диалектного слова «ничка» — так в некоторых говорах называли тайник, потайное место или укладку снопов в поле. Человек, получивший прозвище Ничка, мог быть скрытным, запасливым или работать на гумне. Но эта версия слабее: прозвища от нарицательных слов обычно давали мужчинам, и тогда фамилия писалась бы как Ничкин (без второго суффикса). Двойной суффикс -кин — сильный аргумент в пользу женской основы.

Географически фамилия редкая и тяготеет к центральным и поволжским областям России. Встречается в старых переписях Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерний. Сословно — почти наверняка крестьянская: в дворянской или купеческой среде такие модели встречаются редко, а вот в крестьянской семье прозвище по матери или бабушке могло закрепиться, если отец рано умер или был в отъезде.

По написанию фамилия устойчива: вариант Ничинкин встречается в документах с XVIII века, без перехода в Ничинькин или Ничёнкин. Ударение, судя по говорам, падает на второй слог: Ничи́нкин.