Фамилия Ничегин образована от прозвища Ничега. В его основе, скорее всего, лежит диалектное слово «ничега» — так в некоторых русских говорах называли нерасторопного, вялого человека. Эта версия выглядит правдоподобнее, чем попытка вывести прозвище из отрицательного местоимения «ничего». В живой речи прозвища редко строятся на абстрактных грамматических формах — они описывают конкретную черту характера или поведения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ничегин буквально значит «сын Ничеги» или «человек из семьи Ничеги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а. Встречаются варианты написания Ничигин, которые могли возникнуть под влиянием акающего произношения, распространённого в южнорусских и среднерусских говорах.

Фамилия редкая, в дореволюционных источниках почти не фиксируется, что говорит о её позднем и локальном происхождении. Скорее всего, она закрепилась в одной-двух местностях, а не разошлась широко по стране. Носители фамилии — потомки человека по прозвищу Ничега, который жил, вероятно, в среде крестьян или посадских людей, где подобные бытовые прозвища были обычным делом.