Фамилия Нишейко — яркий пример того, как украинская словообразовательная модель превращает прозвище в фамилию. Её основа — прозвище Нишей, а суффикс -ко (в украинском языке — уменьшительно-ласкательный или патронимический) указывает на то, что перед нами потомок человека по прозвищу Нишей. Такая модель (основа + -ко) типична для Поднепровья, Левобережной и Западной Украины, где фамилии на -ко — одни из самых распространённых.

Прозвище Нишей, скорее всего, образовано от глагола «нищать» — беднеть, становиться нищим. В украинских говорах «нищий» звучало как «нищий», «нишчий», а форма «нишей» могла быть сравнительной степенью прилагательного («более нищий») или просто прозвищем, данным человеку за бедность, скромный образ жизни. Впрочем, не исключено, что прозвище закрепилось за тем, кто прикидывался нищим, — в народной среде такие случаи тоже давали фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ниш» (тихий, смирный). Тогда Нишей — человек тихий, незаметный. Однако эта гипотеза слабее: глагол «нищать» и производные от него слова встречаются в украинских говорах чаще, чем прилагательное «ниш» в значении «тихий».

Фамилия Нишейко встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, особенно в Житомирской, Винницкой и Хмельницкой областях. В России она редка и, как правило, принадлежит потомкам украинских переселенцев. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном среди крестьян и мещан — сословий, где прозвища, отражавшие имущественное положение, были особенно распространены.

Однокоренные фамилии — Нищенко (с тем же суффиксом -енко), Нищий, Нищев. Все они указывают на ту же основу, но различаются по региону и модели образования: Нищенко — типично украинская фамилия с патронимическим суффиксом, Нищей — более редкая, могла закрепиться в русских говорах.