Фамилия Нишкняев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно отбросить привычную модель «от имени или профессии» и присмотреться к географическому следу. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия места жительства — топонимическая.

Ключ к разгадке — суффикс -яев. В русской ономастике это вариант более распространённого -еев, который часто появляется в фамилиях, произошедших от названий с мягкой или шипящей основой. Основа «Нишкн» не похожа ни на одно известное личное имя или прозвище. Зато она почти буквально совпадает с гидронимом — рекой Нишня (Нишня, Нишняя), которая протекает в Псковской области, впадая в реку Шелонь. Если прибавить к «Нишн» суффикс принадлежности -яев, мы получим «Нишняев» — то есть «живущий на реке Нишне» или «выходец с Нишни». Вариант «Нишкняев» — это, вероятно, диалектное или канцелярское искажение: в говорах могли вставить «к» для удобства произношения (ср. «Ситников» от «ситный», но с «к»), или же это результат описки в документах.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «нишкнуть» означало «замолчать, притихнуть». От него могло образоваться прозвище Нишкня — «тихоня, молчун». Тогда фамилия строится по стандартной модели обладания: «чей?» — «Нишкняев», то есть сын Нишкни. Однако эта версия слабее, потому что прозвище «Нишкня» нигде не зафиксировано, а река Нишня — вполне реальный географический объект.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Нишкняев был крестьянином или ремесленником из Псковского региона, который при переписи или переезде получил фамилию по реке, на которой стояла его деревня. Сословная принадлежность в таких случаях почти всегда крестьянская или мещанская, дворяне такую «речную» фамилию вряд ли бы носили. Написание с «к» — редкая особенность, которая делает Нишкняевых уникальными даже среди однофамильцев с той же основой.