Фамилия Нишкняева — редкий случай, где трудность вызывает не столько корень, сколько его оформление. На первый взгляд перед нами типичная «женская» форма на -а, указывающая на принадлежность мужу или отцу: Нишкняева — жена или дочь Нишкняева. Но мужской вариант Нишкняев сам по себе неочевиден. В нём читается суффикс -ев, который крепится к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или на -й. Однако основа «Нишкняй» или «Нишкня» в русском языке не встречается ни в качестве имени, ни в качестве прозвища. Это заставляет искать иноязычный след.

Наиболее вероятная версия — фамилия тюркского происхождения. В тюркских языках (татарском, башкирском, чувашском) распространён корень «нишкя» или «нишкә», который может означать «тонкий», «нежный», «хрупкий» или даже «слабый». Прозвище Нишкня (Нишкәй) могли дать человеку с изящным телосложением или мягким характером. Прибавив к нему русский патронимический суффикс -ев, переселенцы из Поволжья или Приуралья оформили фамилию по русскому образцу. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Нишкняев (и её варианты) встречается преимущественно в регионах со значительным татарским населением — в Татарстане, Башкирии, Оренбургской области.

Есть и другая, менее убедительная гипотеза, связывающая фамилию с диалектным русским словом «нишкнуть» (замолчать, притихнуть). Якобы Нишкня — человек, который часто молчит или говорит тихо. Но слово «нишкнуть» не даёт производной формы «нишкня», а суффикс -ня в русских прозвищах обычно указывает на качество или действие (например, «ворчня» от «ворчать»). Для фамилии такое образование нетипично, поэтому тюркская версия выглядит правдоподобнее.

Таким образом, предки носителей фамилии Нишкняева, скорее всего, происходили из тюркоязычной среды и получили прозвище по внешнему признаку или черте характера. При переходе в русскую культуру прозвище обросло стандартным фамильным суффиксом, закрепившись в форме Нишкняев (а для женщин — Нишкняева).