Фамилия Нишнючкин — из тех, что ставят этимолога в тупик с первой же буквы. На слух она кажется то ли украинской, то ли белорусской, то ли вовсе искусственной, но при детальном разборе вырисовывается довольно редкая словообразовательная модель, характерная для северо-западных русских говоров и, возможно, для польского пограничья.

Основа фамилии — «нишнюк» или «нишнючка». Суффикс -юк/-чук типичен для западнорусских, украинских и белорусских фамилий (вроде Ковальчук, Бондарчук). Однако здесь он осложнён суффиксом -к- (Нишнюч-к-ин), что встречается реже. В русской ономастике такая цепочка обычно указывает на прозвище, образованное от прилагательного или существительного с уменьшительным оттенком: «нишнючка» — это могло быть прозвание маленького, невзрачного человека или, наоборот, ласкательное обращение.

Самая сложная часть — корень «нишн-». Вероятнее всего, он восходит к диалектному слову «нишний» или «нишной», которое в рязанских, тамбовских и владимирских говорах означало «низкий», «приземлённый», а в переносном смысле — «смиренный», «тихий». В. И. Даль фиксирует глагол «нишнуть» — «притихнуть, присмиреть». Таким образом, Нишнючка — это «тихоня» или «скромник». Менее вероятна, но допустима связь с польским «niski» (низкий) через форму «niżny» — в этом случае фамилия могла возникнуть на землях бывшей Речи Посполитой и затем обрусела через суффикс -ин.

По географии фамилия крайне редкая. Основные следы ведут в Псковскую и Смоленскую области, где встречаются похожие фамилии на -ючкин (например, Костючкин, Мартючкин). Это подтверждает версию о западном происхождении: именно в этих краях активно смешивались русская и белорусская антропонимические традиции. Сословно, скорее всего, это крестьянская фамилия: прозвища, образованные от черт характера, давали в первую очередь простым людям, а не дворянам.

Если предположить, что исходное прозвище звучало как «Нишнюк», то фамилия Нишнючкин — это вторичная форма, образованная по русской модели: сначала от прозвища сделали отчество (чей сын? — Нишнючкин), а потом закрепили как фамилию. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия почти не встречается, что говорит либо о её позднем оформлении, либо о крайней локальности рода.

Итог: Нишнючкин — фамилия-загадка, собранная из диалектного корня, уменьшительного суффикса и западного форманта. Предки носителя, скорее всего, жили на границе Великороссии и Белоруссии и получили прозвище за тихий, неконфликтный нрав. Других версий, заслуживающих внимания, нет — остальные гипотезы (например, от искажённого «нищенка») разбиваются о фонетику: переход «щ» в «шн» нехарактерен для русских говоров.