Фамилия Нишнючкина — редкий случай, когда при кажущейся сложности основа читается почти прозрачно. Это женская форма фамилии Нишнючкин, и её происхождение напрямую связано с просторечным или диалектным прозвищем.

В основе лежит слово «нишняк» или «нишнюк». В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, «нишняком» называли человека, который «нишнет» — то есть молчит, таится, прикидывается тихоней. Глагол «нишнуть» (или «нишкнуть») означает «замолчать, притихнуть». Таким образом, Нишнюк — это прозвище молчуна, скрытного или себе на уме человека. Оно образовано по той же модели, что и Молчун, Тиша, Смирной.

Суффикс -юк (в форме Нишнюк) характерен для украинской и южнорусской ономастики. Он указывает на лицо по характерному признаку или действию. Далее фамилия строилась по стандартной русской модели: к основе Нишнюк добавили притяжательный суффикс -ин, что дало Нишнюкин (чей? — сын Нишнюка). Женская форма — Нишнючкина — появилась из-за чередования к/ч перед суффиксом -ин (сравните: Третьяк — Третьячкин, Козюк — Козючкин). То есть сначала было Нишнюк → Нишнюкин, а в разговорной речи или в документах возник вариант Нишнючкин, который и закрепился.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Прозвища, даваемые по характеру, были широко распространены именно в этих средах. Дворянские фамилии чаще образовывались от полных крестильных имён или от названий поместий, чего здесь нет. Встретить носителей фамилии Нишнючкина можно в основном в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины — там, где бытовал сам глагол «нишнуть».

Интересно, что фамилия не связана с украинским «нижний» (низший) или с польским «niski» (низкий), как могло бы показаться. Ударение в ней, судя по говорам, падает на второй слог: Нишню́чкина. Это дополнительно указывает на глагольную, а не на качественную природу корня.