Фамилия Нишонова — женская форма фамилии Нишонов, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Нишон. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, которые образованы от славянских корней, эта фамилия имеет тюркские или иранские истоки, что сразу выделяет её на фоне типичных восточнославянских моделей.

Основа «Нишон» восходит к слову «нишон» (или «нишан») в тюркских языках (узбекском, таджикском, казахском), которое означает «знак», «метка», «отличительный признак», а также «мишень» или «орден». В персидском языке «нешан» имеет схожий смысл — «знак», «символ», «цель». Таким образом, прозвище Нишон могло закрепиться за человеком по нескольким причинам: либо он был метким стрелком (попадающим в цель), либо носил на одежде или теле какой-то особый знак (родимое пятно, татуировку, нашивку), либо получил награду (орден) и стал ассоциироваться с этим отличием.

Модель образования фамилии типична для регионов Средней Азии и Поволжья, где русский суффикс -ов/-ев присоединялся к местным именам при русификации документов в XIX–XX веках. В данном случае Нишонов — это «сын Нишона», а Нишонова — «жена или дочь Нишонова». Фамилия не характерна для исконно русских областей и чаще всего встречается в Таджикистане, Узбекистане, а также среди татар и башкир. В российском контексте её носители — потомки переселенцев из этих регионов, чьи фамилии были адаптированы под русскую грамматику.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках слово «нишан» также могло означать «цель» в переносном смысле — «предназначение», что добавляет фамилии философский оттенок. Однако бытовая версия с метким стрелком или обладателем знака остаётся основной. С точки зрения словообразования, фамилия Нишонова — классический пример того, как иноязычная основа органично вписалась в русскую патронимическую систему, сохранив при этом исходное значение.