Фамилия Нишонов — редкий пример фамилии, образованной от имени с тюркским корнем. Основа здесь — имя Нишон (вариант: Нишан), которое в ряде тюркских языков означает «знак», «метка», «отличительный знак» или даже «цель» (например, в таджикском «нишон» — знак, признак). В ономастике такие имена нередко давали детям с пожеланием, чтобы ребёнок был заметным, приметным, или в связи с каким-либо знаком судьбы.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: так оформлялись фамилии в среде, перешедшей на русский язык или жившей в смешанном этническом окружении. Нишонов буквально значит «сын Нишона» или «принадлежащий Нишону». Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир, народов Средней Азии или кавказских тюрков, а затем получить русское окончание при документировании в Российской империи.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Нишо́нов, хотя возможны варианты. В отличие от распространённых фамилий на -ов, здесь нет связи с русскими прозвищами или ремёслами — корень однозначно указывает на личное имя. Это сближает Нишонова с фамилиями типа Ахметов, Рахимов, но с более редкой основой.

Географически фамилия встречается в основном в Узбекистане, Таджикистане, а также среди татар и башкир в России. В русских документах XIX века она могла фиксироваться у выходцев из Бухарского эмирата или Кокандского ханства, где имена с корнем «нишон» были распространены. В советское время фамилия окончательно закрепилась в форме Нишонов.

Написание через «о» во втором слоге (Нишонов, а не Нишанов) — результат адаптации тюркского звука «а» под русскую орфографию: в безударной позиции «а» и «о» на письме различались, а в документах часто ставили «о» для унификации. Поэтому в некоторых семьях можно встретить вариант Нишанов — это та же фамилия, но записанная ближе к исходному произношению.