Фамилия Нишанов — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу подсказывает, где и как она появилась. Формант -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, но основа «Нишан» — тюркская, широко распространённая среди народов Средней Азии, Поволжья и Кавказа. В русскую среду фамилия попала, скорее всего, через татар или башкир, у которых она встречается чаще всего, либо через народы, входившие в состав Российской империи. Если бы фамилия осталась в родной среде, она имела бы окончание -лы, -улы или -оглы, но приписка -ов — это «обрусение» для документов.

Слово «нишан» (nişan) в тюркских языках многозначно. Прямое значение — «знак», «метка», «цель» (например, мишень для стрельбы). В переносном смысле — «отличительный знак», «орден» или «награда». В османской и среднеазиатской традиции так называли государственную печать или высочайший указ. Поэтому прозвище Нишан мог получить человек, который либо метко стрелял (попадал в «нишан»), либо носил какой-то заметный знак отличия, либо служил писцом или хранителем печати. Самая правдоподобная версия — прозвище по занятию: «нишан» в значении «мишень» давало имя лучнику или охотнику.

Менее вероятна, но возможна версия, что в основе лежит арабское имя Нишан (вариант Нишант — от санскритского «ночь» или персидского «знак»), но в тюркской среде оно встречается редко и чаще как прозвище, чем как личное имя. Фамилия Нишанов — типичный пример патронимической модели: «сын Нишана». При этом само имя Нишан в дореволюционных метриках у татар и башкир фиксировалось, но было нечастым, что делает фамилию относительно редкой по сравнению с Тагировыми или Хасановыми.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, а также к узбекской и казахской среде, где встречается уже как Нишанов или Нишанбаев. В русском контексте носители фамилии — это, как правило, потомки крещёных татар или тех, кто переезжал в центральные губернии в XIX веке. Интересная деталь: в некоторых регионах фамилию могли записать как Нешанов — из-за аканья (произношения «Нишан» как «Нешан»), и тогда этимология теряется, пока не восстановишь исходную форму.

Сословного барьера у фамилии не было: Нишановыми могли быть и крестьяне, и купцы, и служилые татары. Всё зависело от региона и конкретного рода. Сегодня фамилия встречается нечасто, но её носители могут с высокой вероятностью найти корни в Поволжье или на Южном Урале.