Фамилия Нишанбаев — редкий случай, когда основа восходит не к тюркскому имени, а к названию должности или статуса. Разбираем её по частям. Первая часть «Нишан» — это искажённое «нишан» (от персидского نشان — «знак, орден, мишень»). В тюркской среде, особенно у казахов и узбеков, «нишан» или «нысан» означало знак отличия, боевую награду, а также примету или метку. Вторая часть «бай» — традиционный тюркский титул «богатый, господин, хозяин». Получается, что Нишанбай — это составное личное имя или прозвище, которое можно перевести как «господин со знаком», «обладатель отличительного знака» или «знатный человек, отмеченный наградой». Фамилия Нишанбаев образована по стандартной русской модели притяжательного суффикса -ев, означающего «сын Нишанбая».

Слово «нишан» входило в состав многих тюркских имён и прозвищ, например, Нишанкул, Нишанбай. Однако в отличие от имён с компонентом «бай», которые часто давали просто по желанию («будь богатым»), имя Нишанбай могло иметь более конкретную подоплёку. В казахской и узбекской среде так могли назвать человека, который носил на одежде ханский знак или тамгу, — то есть был приближённым, доверенным лицом, гонцом с особым отличием. В этом смысле Нишанбаев — фамилия, указывающая не на ремесло, а на социальный статус предка: он был не просто богат, а отмечен властью.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана (особенно Туркестанская, Кызылординская области) и к Узбекистану. Встречается она и у каракалпаков. В российских метриках и переписях Нишанбаевы почти не фиксируются — это фамилия, которая осталась в основном в Средней Азии, где в советское время получила русифицированное окончание. Примечательно, что в дореволюционных записях форма могла писаться как Нишанбай (без суффикса), а фамилией она стала только в XX веке. Спорных версий у фамилии немного: некоторые ошибочно связывают «нишан» с армянским «нишан» (знак, цель), но это случайное созвучие — фамилия однозначно тюркская и сложилась в мусульманской среде.