Фамилия Нисанбаев на первый взгляд кажется типичной для тюркских народов, но её основа выдает еврейский след. Корень «Нисан» — это название месяца еврейского календаря (нисан, март-апрель), когда празднуют Песах. У евреев, живших в Средней Азии и на Кавказе, было принято давать мальчикам имена по месяцам или праздникам: Нисан, Таммуз, Авив. К такому имени добавили тюркский компонент «бай» (богатый, господин, уважаемый человек) и русский патронимический суффикс «-ев». Получилась сложная конструкция, где еврейское имя соединилось с тюркским титулом и славянским окончанием, — редкий случай, когда в одной фамилии уживаются три языковые традиции.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде бухарских евреев или горских евреев, которые исторически жили в Узбекистане, Таджикистане, на Кавказе и в Дагестане. Там имена по календарю были распространены, а при присоединении региона к Российской империи местным жителям массово давали фамилии по отцу с русскими суффиксами. «Нисанбаев» буквально означает «сын Нисанбая», то есть человека, которого звали Нисан и почтительно величали баем — зажиточным или влиятельным.

Встречается и более прозаичная, но менее вероятная версия: что корень «нисан» не имеет отношения к еврейскому календарю, а восходит к арабскому слову «нисан» (женщина) или к тюркскому «нысан» (знак, метка). Однако в тюркских языках имя Нисан не встречается как самостоятельное, тогда как у иудейских общин оно документально зафиксировано. Поэтому первая гипотеза — основная.

Фамилия редкая, в основном встречается у носителей из Узбекистана, Таджикистана и Израиля. В России её можно найти среди потомков бухарских евреев, переселившихся в Москву или Санкт-Петербург. В отличие от фамилий вроде Нисанов, где суффикс «-ов» указывает на прямое отчество, «Нисанбаев» говорит о том, что предок носил двусоставное имя-прозвище, подчеркивающее его статус.