Фамилия Ниханбаев — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти наверняка не славянского происхождения, а тюркская, и образована по модели, типичной для фамилий народов Средней Азии и Казахстана. Корень здесь — личное имя Ниханбай.

Разберём это имя. Первая часть, «Нихан», скорее всего, восходит к персидскому или арабскому слову «нихан» (نهان) — «скрытый», «тайный», «сокровенный». В тюркских языках это слово могло употребляться как часть составного имени, часто с сакральным или охранительным смыслом: имя как бы «прятало» ребёнка от злых сил. Вторая часть — «бай» — классический тюркский титул, означающий «богач», «господин», «хозяин». В составе имён он указывал на пожелание богатства и знатного положения. Таким образом, Ниханбай — это «скрытый (или сокровенный) богач» или «тайный господин».

Суффикс «-ев» — это уже русская адаптация. Когда тюркские фамилии входили в российский документооборот (особенно в XIX — начале XX века), к основе на согласный или «й» часто добавляли стандартный русский патронимический суффикс «-ев» (как в фамилиях Ахметов, Батыров). Поэтому Ниханбай + ев = Ниханбаев, то есть «потомок Ниханбая».

Географически такая фамилия наиболее вероятна для казахов, татар, башкир или узбеков. В русской среде она встречается крайне редко и почти всегда указывает на тюркские корни предка. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: баи (богатые скотоводы или купцы) давали такие имена детям, но и в среде простых кочевников имя с частицей «бай» было распространённым пожеланием лучшей доли.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то у Ниханбаева есть «родственники»: Ниханбаев — это прямая параллель к фамилиям вроде Ниханкулов (где «кул» — раб, слуга), что показывает, как менялся второй компонент имени в зависимости от традиции имянаречения.