Фамилия Наханбаев — нечастая, и её разумнее всего объяснять через тюркские корни, скорее всего казахские или киргизские. В основе лежит мужское имя Наханбай. Оно составное: «нахан» (в разных тюркских языках может означать «хан», «владыка» или восходить к древнему титулу) и «бай» — традиционный компонент, означающий «богач», «хозяин», «господин». Получается, что Наханбай — это имя-пожелание со значением «богатый как хан» или «хан-богач».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае к основе Наханбай добавили русский патронимический суффикс, и получилось «сын Наханбая». Такое сочетание тюркского имени и русского окончания типично для народов Средней Азии и Казахстана, попавших в сферу влияния Российской империи в XIX — начале XX века.

Интересно, что первая часть имени, «нахан», не так распространена, как, скажем, «батыр» или «жан». Это может указывать на относительно редкое родовое имя или на локальное, племенное происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был уважаемым человеком в своей общине, возможно, аксакалом или зажиточным скотоводом.

Встречается фамилия преимущественно в Казахстане и в приграничных регионах России, где живут казахи, например, в Астраханской или Оренбургской областях. Встречаются варианты написания с одной «н» — Нахабаев, но это, вероятно, результат упрощения при записи в документах. В русском языке ударение, скорее всего, падает на последний слог: Наханба́ев.