Фамилия Нишан — редкий случай, когда основа не имеет славянских корней, а модель образования указывает на восточное или еврейское происхождение. В отличие от большинства русских фамилий, здесь нет типичных суффиксов -ов, -ев или -ин, что сразу выделяет её из общего ряда. Фамилия не склоняется по падежам как типичная русская, и это тоже подсказка: её принесли в русскоязычную среду из другого языка.

Самая вероятная версия — связь с еврейским мужским именем Нишан. В иврите ניסן (Нисан) — это название первого месяца еврейского календаря, приходящегося на весну. Имя могло быть дано мальчику, родившемуся в этот месяц, или как благопожелательное. Фамилия, образованная от имени без дополнительного суффикса, — обычное явление в семьях ашкеназских евреев, особенно в тех, что жили на территории Российской империи. Запись «Нишан» вместо «Нисан» объясняется особенностями передачи звуков через идиш или местные говоры.

Есть и менее распространённая, но возможная версия — тюркское происхождение. В ряде тюркских языков слово «нишан» (nişan) означает «знак», «метка», «орден» или «цель». В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище: например, меткого стрелка или человека, носившего отличительный знак. Однако эта гипотеза слабее, потому что в тюркских фамилиях обычно добавляют аффиксы принадлежности, а форма «Нишан» без окончания больше характерна для имён.

Географически фамилия встречается в основном среди еврейских общин Украины, Белоруссии и юга России — тех регионов, где было распространено имя Нишан. Встречаемость крайне низкая, и это дополнительно подтверждает, что фамилия не образовалась массово от какого-то ремесла или топонима, а осталась локальной, семейной. В дореволюционных метрических книгах и переписях её можно найти в записях мещан и купцов, но о каком-то одном сословии говорить не приходится — носители были разными по социальному положению.